Котлов окончил Кыргызский государственный институт физкультуры и Высшие курсы сценаристов и режиссеров при ВГИКе в Москве. Однако большую часть своей жизни он посвятил работе в кино, где трудился более тридцати лет и был удостоен звания режиссера высшей категории. Он автор свыше 100 кинодокументальных картин, где главной темой стали люди и горы. В его киностановлении  большую поддержку оказал личный опыт работы  в журналистике.

Со школьной скамьи Женя был активным автором молодежных изданий республики, а с 1967 года он уже штатный сотрудник Фрунзенской телестудии, затем продолжил творческую деятельность в газете «Комсомолец Киргизии» и      информмагенстве «Киртаг». Талантливого репортера заметили в центральной прессе и пригласили в популярный журнал «Вокруг света» на должность специального корреспондента. Его журналистские впечатления послужили основой написания первой книги «Весна за девятью хребтами», вышедшей в 1972 году. В это же время Котлов начал работать в кино и прошел сложный путь от дебютанта до одного из ведущих  мастеров кинодокументального жанра.  Яркие по творческой стилистике документальные киноленты «Шесть сигналов в минуту», «Яки рождаются на снегу», «Колыбельная Токтокан-апы», «Табунщики»  и «Сталинградцы» сделали его имя известным  за пределами республики. Они были отмечены призами престижных  всесоюзных киносмотров  в Алма-ате, Баку, Волгограде, Киеве, Ленинграде.

В восьмидесятые годы минувшего века  Евгений Котлов обозначил себя режиссером-новатором, который в своих картинах активно искал новые художественные приемы и возможности телевизионного документального экрана. Это способствовало выходу острой документальной кинопублицистики: телевизионных фильмов «Пропасть», «Со дна забытого колодца», «Иссык-Куль без экзотики», «Конечная остановка» и «Пятый угол». Котлов оставил заметный след и на общественном поприще, будучи депутатом «легендарного парламента» республики. Он создал международный киноцентр «Эпос», собирал достижения народного устного творчества, открывал имена новых манасчы. Тема Манаса Великодушного всегда была в его киноприоритетах.

Но свое творчество он не оставлял ни на минуту. Начиная с 2000 года режиссер снял знаковые для себя фильмы «Сидит заяц на заборе», «Рождественский синдром-2» и «13 видов Хан-Тенгри», которые участвовали в 17 международных фестивалях документального кино и были представлены в 13 странах мира, получив высокую оценку кинематографистов и ЮНЕСКО. Последними работами мастера стали киноленты «Памирская мадонна» и «Мак-Кинли. Русский кулуар». Последний посвящен знаменитому  восхождению альпинистов-инвалидов на пик Мак-Кинли на Аляске. Соратники и коллеги, выступавшие на вечере памяти, в один голос говорили, что Евгений Котлов еще при жизни поставил себе творческий памятник, его фильм о восхождении инвалидов стал как бы реквиемом и прощанием режиссера со всем, что было ему  дорого в жизни. В кыргызских горах Евгений Анатольевич оставил свое сердце, подчеркнули коллеги и ученики мастера.